O INCT-CERBC visa preservar e explorar o potencial biotecnológico de microrganismos (fungos e bactérias) e parasitos de origem clínica e ambiental que compõem a biodiversidade brasileira, bem como aqueles provenientes de coleções de outros países, por meio das instituições internacionais associadas a esta proposta. O instituto tem como meta explorar o potencial de isolados autóctones, tipos e linhagens de referência, coleções de plasmídeos, culturas de células de mamíferos e bancos de dados biológicos, incluindo DNA e RNA, para expandir os bancos de dados e disponibilizar informações sobre a biodiversidade das coleções.